È possibile individuare almeno 5 strati di glosse. Di questi uno riproduce l’apparato accursiano (qui riprodotto col sistema di richiamo per segni). Ad esso appartengono quasi tutte le glosse marginali e spesso anche le interlineari (talvolta corredate di sigla, talvolta no). Una mano più recente ha successivamente riportato altre glosse marginali e interlineari (aggiunte ad Accursio).

La rasura effettuata per far posto alla Glossa ordinaria ha tuttavia lasciato parecchie tracce di precedenti stratificazioni. Ad una mano più antica con inchiostro un po’ scolorito (E1m) appartengono soprattutto glosse interlineari ma anche alcuni notabilia e alcune glosse marginali. A giudicare dalla gran quantità di sigle “m” (notevole la circostanza che in vari casi vede apposta la medesima sigla anche alle interlineari) si direbbe l’apparato di Martino. Questo manoscritto è peraltro l’unico in cui la gl. Falcidie non est locus appare accompagnata dalla sigla di Martino Gosia. La seconda mano (E1a), più recente, riporta invece l’apparato di Rogerio-Alberico (molto simile a M1). Ad essa appartengono poche glosse interlineari (talvolta corredate dalle sigle “R” o “al”) ed alcune marginali sopravvissute. Un facile confronto tra queste due principali mani di glossa preaccursiane può essere fatto a f. 3ra e 3vb. Più sporadicamente si incontra anche una terza mano (E1’’), riconoscibile per l’inchiostro tendente al marrone e i caratteri leggermente più grandi. Questa mano è intervenuta – forse dopo la mano E1m – per aggiungere glosse frutto della prima esegesi: le glosse sono spesso corredate dalla sigla “Ia” (v. f. 51r, 69vb) o da quella “B” (f. 27v marg. sup.).

In conclusione ci troviamo di fronte a un buon testimone dell’esegesi bolognese tra la metà del secolo XII e i decenni immediatamente successivi. Sotto questo aspetto, la sovrapposizione della Glossa ordinaria ha purtroppo grandemente mutilato questo testimone.

Si riconoscono almeno 4 mani di glosse. La mano più antica (E2r) caratterizzata dall’inchiostro più chiaro, dalla ‘s’ che scende sotto la riga, dalle maiuscole con svolazzi e dal segno di paragrafo con l’occhiello molto chiuso e l’angolo molto aperto. Questa mano è databile, secondo Dolezalek, agli anni 1150 o 1160. In vari casi le glosse di questa mano sono precedute dalla sigla ‘y’. Fra tali glosse si individuano anche alcuni estratti dalle Novelle contrassegnati dalle iniziali «CN». Come già segnalato da Dolezalek, il loro tenore coincide talvolta con le authenticae apposte da Irnerio al Codice. A questa medesima mano appartengono ancora numerosi notabilia e molte glosse interlineari, la maggior parte delle quali senza segno di par. Molto spesso le glosse sono chiuse dalla sigla ‘R.’. [uniche altre sigle sono la ‘y’ (un paio di volte) e la ‘m.’ (4 o 5volte)]

Da questa mano più antica si distingue – pure con molta difficoltà perché il colore dell’inchiostro è quasi identico a quello mano precedente – una seconda mano (E2’), anch’essa piuttosto antica. Essa riporta (o aggiunge) glosse che paiono appartenere all’apparato di Martino (in rari casi portano anche la sigla ‘m.’). E’ riconoscibile per la scrittura più compatta, la ‘s’ che non scende e il segno di par. che non manca mai. Se ad una prima impressione parrebbe difficile distinguerle, tuttavia sarà sufficiente fare il confronto sulla base della gl. ‘Falcidie non est locus’ riportata da entrambe le mani (al f. 3rb da E2’ e al f.4va da E2r (con ‘y’ premessa) – questa è anche una delle prove che E2’ ha lavorato successivamente a E2r). E’ la mano che riporta l’antico scolio iniziale.

La terza mano (E2a), professionale (segnalata come seconda da Dolezalek), riproduce l’apparato di Alberico. Le glosse, fra cui anche alcuni notabilia, sono molto leggibili e tutte (anche quelle nelle interlinee) caratterizzate da un segno di paragrafo con l’asta verticale dritta e l’occhiello panciuto e tutto laterale. Talvolta questa mano aggiunge la sigla a glosse della mano E2r.

Una quarta mano di glosse (E2az) restituisce lo strato azzoniano. È riconoscibilissima per l’inchiostro più scuro ed i caratteri più grandi.